1636年葡萄牙人被禁止至日本贸易，因此只剩下中国及荷兰商船得以在长崎从事贸易，1647年7月16日到8月30日，试图与日本重建贸易关系的葡萄牙舰队在长崎与德川幕府发生对峙，最终贸易请求被拒绝而撤退（长崎对峙事件）；由于来自中国的商船数量逐渐增加，在1688年有多达194艘船只在中国，因此在长崎另建立了唐人屋敷专供中国人居住。对马藩在釜山也设置倭馆进行朝鲜贸易。
直到1803年开始，陆续有来自美国、俄罗斯、英国等国家的船只进入长崎要求通商。近代的长崎造船业繁荣昌盛。1869年兴建了近现代的长崎城。
在第二次世界大战末期的1945年8月9日，美国轰炸机在此投下了原子弹，使长崎成为全球第二个受原子弹轰炸的城市，除了对市区的严重破坏，也造成七万多人死亡。此次轰炸，也迫使日本向盟军无条件投降，结束了战争。1955年8月，长崎为此建立和平纪念像，以纪念此事。战后，长崎佐世保港建立了美国海军基地。
2007年4月17日晚上，时任市长的伊藤一长在竞选办公室前演讲时，遭城尾哲弥自后方开枪射伤，送医后于隔日清晨死亡。数天后，4月22日的市长选举中，仍有不少人投给伊藤一长，以致产生大量的废票；最后由另一位候选人田上富久当选。专业代理DHL(中外运敦豪)，FEDEX(联邦快递)，UPS(联合包裹) ，TNT(天地物流)，等全球国际快递，为您提供国际快递进出口服务！
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